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Covid-19 et résistance aux antibiotiques : parallèles, liens, conséquences

Les chercheurs du PNR 72 et d’autres spécialistes livrent un aperçu des parallèles et des relations entre le Covid-19 et l’antibiorésistance.

​Le Covid-19 ne passe pas inaperçu dans le PNR 72. Depuis quelques mois, de nombreuses personnes, actives en temps normal principalement dans la recherche sur les résistances aux antibiotiques, doivent mettre entre parenthèses les travaux qu’elles mènent dans ce programme, car elles sont sollicitées professionnellement dans la pandémie de coronavirus : elles apportent une contribution significative pour maîtriser la crise, que ce soit comme infectiologues, responsables de laboratoires hospitaliers ou responsables de l’hygiène hospitalière.

Non seulement ce sont les mêmes médecins qui ont affaire aux deux sujets, mais le Covid-19 et l’antibiorésistance sont, sur des points essentiels, des pandémies parallèles, et en partie liées. Bien sûr, il existe des différences importantes. Ainsi, il s’agit pour le Covid-19 d’une seule espèce de virus qui s’est répandue très rapidement dans le monde entier, tandis que les résistances aux antibiotiques se développent dans des bactéries pathogènes très diverses, se propagent plus lentement – mais sont difficiles à juguler à long terme.

Pourtant, certaines mesures de lutte, centrales dans chacun des deux domaines, se recoupent, par exemple concernant le comportement individuel de protection et, clairement, la surveillance épidémiologique. La pandémie de Covid-19 nous donne à voir les impacts que pourraient entraîner dans le futur les résistances aux antibiotiques, bien que cette problématique soit moins aigüe pour l’instant. Pour éviter une future – et prévisible – catastrophe, il est capital de tirer les enseignements de la crise actuelle et d’examiner si et comment le Covid-19 se répercute sur la problématique des résistances aux antibiotiques. A l’inverse, les expériences acquises dans la lutte contre l’antibiorésistance peuvent aussi être utiles pour le Covid-19.

Guidés par ces objectifs, les chercheuses et chercheurs du PNR 72 et les autres spécialistes présentent et discutent les parallèles et les liens entre Covid-19 et résistances aux antibiotiques dans un numéro spécial du "Swiss Medical Forum" et dans "Swiss Medical Weekly". Il faut espérer que l’analyse de la pandémie de corona attirera également l'attention sur le potentiel pandémique des résistances aux antibiotiques, comme l'écrit Stefan Kuster, chef de la division Maladies transmissibles de l'OFSP, dans l'éditorial du "Swiss Medical Forum".

Les articles d'actualité publiés aujourd'hui traitent des sujets suivants :

Voies de propagation similaires, rythme différent

Des porteurs ne présentant pas de symptômes, une hygiène déficiente, la mobilité internationale : ces facteurs, parmi d’autres, sont impliqués de manière déterminante dans la dissémination globale tant du Covid-19 que des résistances aux antibiotiques. Les résistances se répandent certes plus lentement, mais elles sont plus difficiles à combattre. Notamment par le fait qu’elles se propagent aussi dans de "bonnes" bactéries – surtout les bactéries intestinales – qui ne causent pas de maladie mais font au contraire partie de la flore intestinale normale. La contribution discute les mesures qui pourraient freiner aussi bien le Covid-19 que les résistances aux antibiotiques – et les mesures supplémentaires nécessaires au contrôle de ces dernières sur le long terme.

Une évidence issue de la crise : nous avons besoin d’un "antibiotic stewardship"

Les signes typiques d’une infection au nouveau coronavirus sont peu spécifiques, et peuvent aussi bien suggérer une infection bactérienne. Il est donc probable qu’au début de la pandémie, on ait souvent prescrit des antibiotiques à tort en raison de l’absence d’un diagnostic clair. Cela souligne, si besoin était, l’urgence de disposer de concepts d’utilisation raisonnée des antibiotiques ("antibiotic stewardship"). L’article décrit les aspects essentiels d’un tel concept pour la Suisse, comme l’élabore le centre national de prévention des infections Swissnoso en tant qu’élément de la Stratégie Antibiorésistance (StAR).

Hygiène, masque, salutation au coude : de possibles effets bénéfiques contre la propagation des résistances aux antibiotiques

Ces derniers mois, les humains du monde entier se sont habitués à des mesures de protection individuelles qui protègent des infections. Si certains de ces changements de comportement s’établissaient sur le long terme, cela pourrait s’avérer utile également contre la propagation des résistances aux antibiotiques. L’article analyse ce potentiel, et esquisse dans le même temps les effets négatifs que la pandémie de Covid-19 pourrait avoir, sur le comportement de vaccination par exemple.

Décisions thérapeutiques grâce aux diagnostics point-of-care : valable pour les patient·es Covid-19 ?

Selon les connaissances actuelles, il est plutôt rare que les patients Covid-19 développent simultanément une pneumonie bactérienne. Mais quand cela arrive, il est important d’administrer une antibiothérapie. Il est toutefois difficile d’établir un diagnostic clair, ce qui conduit souvent à la prescription inutile d’antibiotiques. L’article discute les atouts de différentes méthodes diagnostiques pour déceler rapidement des co-infections bactériennes chez les patient·es Covid-19, en particulier dans les cabinets médicaux.

Suivi de l’infection : analogies entre le Covid-19 et l’antibiorésistance

Une situation épidémiologique qui change constamment, des chaînes de transmission complexes : ce qui rend le traçage des contacts si difficile concernant le Covid-19 constitue un défi également dans la surveillance des résistances aux antibiotiques. Relever ce défi est pourtant indispensable pour détecter les flambées et intervenir rapidement. Cette contribution discute l’importance de la surveillance de l’antibiorésistance telle qu’ANRESIS la mène en Suisse, examine des nouvelles méthodes développées avec la "Swiss Pathogen Surveillance Platform", et fait le lien avec les expériences actuelles dans la pandémie de Covid-19.

Traitement des patient·es Covid-19 avec co-infections bactériennes

Les patient·es présentant des infections virales souffrent souvent d’infections bactériennes simultanées. Celles-ci peuvent être coresponsables des symptômes dès le début, mais peuvent aussi survenir plus tard comme suite de l’infection virale. Dans le cas du Covid-19, il s’agit avant tout d’infections secondaires des voies respiratoires. Elles sont certes peu fréquentes, mais peuvent nécessiter un traitement ciblé. L’article fait la synthèse des connaissances actuelles (état septembre 2020) sur leur fréquence, leur diagnostic et leur traitement, et en tire des conclusions pour la façon de procéder dans l’antibiothérapie.

La pandémie de Covid-19 révèle la sécurité précaire de l’approvisionnement en antibiotiques

La pandémie de Covid-19 met en évidence à quel point l’approvisionnement en médicaments et en équipements médicaux dépend de chaînes logistiques mondiales. Pour les antibiotiques notamment, des goulets d’étranglement sont apparus dans différents pays. Ce n’est pas une surprise car, pour ces médicaments, la problématique était connue depuis longtemps. Pourtant, les mesures prises jusqu’à présent semblent relever plus de l’activisme que de la planification à long terme. L’article dresse une vue d’ensemble du phénomène et montre différentes solutions possibles.

Profiter de la crise pour rendre plus robustes les systèmes de santé

Les deux défis que constituent le Covid-19 et l’antibiorésistance mettent au jour les failles des systèmes de santé du monde entier. La pandémie de Covid-19 a enclenché une dynamique politique forte. L’article plaide pour qu’elle soit employée à rendre les systèmes de santé plus résistants de façon générale face aux flambées de maladies infectieuses. A cette fin, il pointe un cadre commun permettant de faire face tant à l’antibiorésistance qu’au Covid-19.